Свою историю Отряд мобильный особого назначения на транспорте Управления Росгвардии по Забайкальскому краю ведёт с 21 декабря 1993 года. Бойцы нового подразделения должны были выполнять задачи повышенной сложности в опасных условиях. Так, например, в приграничном городе Забайкальске нередко совершались грабежи с грузовых поездов с товарами народного потребления, которые следовали из Китая. Боеспособность молодого отряда была также проверена в феврале 1995 года, когда его сотрудники впервые отправились в служебную командировку в Чеченскую Республику. Всего за 21 год бойцы ОМОНа на транспорте выезжали в «горячие точки» 17 раз, где выполняли задачи по охране и обороне важных объектов, участвовали в мероприятиях по обнаружению и задержанию членов незаконных вооружённых формирований в населённых пунктах и горно-лесистой местности Республики Ингушетия и Кабардино-Балкарской Республики.
За мужество и отвагу, проявленные при выполнении служебно-боевых задач 63 сотрудника специального подразделения награждены государственными наградами: четыре сотрудника – орденом Мужества, 12 человек – медалью «За отвагу», 11 сотрудников награждены медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» 2 степени и 25 сотрудников – медалью «За отличие в охране общественного порядка».
Сегодня ОМОН на транспорте Управления Росгвардии по Забайкальскому краю успешно выполняет задачи по участию в охране общественного порядка, обеспечению безопасности, участию в борьбе с терроризмом и экстремизмом и другие. В настоящее время на вооружении отряда состоят современные виды вооружения, а также спецсредства и спецтехника для обнаружения, идентификации и уничтожения взрывоопасных предметов.
В день образования отряда его сотрудники получили заслуженные награды из рук начальника Управления Росгвардии по Забайкальскому краю. Полковник полиции Олег Пугачёв поздравил коллег, поблагодарив за профессионализм и верность выбранному делу, а также пожелал крепкого здоровья и благополучия в семьях.